近代日本では大日本帝国憲法第11条が定めていた天皇大権のひとつである陸軍や、海軍への統帥の権能を指す。その内容は陸海軍の組織と編制などの制度、および勤務規則の設定、人事と職務の決定、出兵と撤兵の命令、戦略の決定、軍事作戦の立案や指揮命令などの権である。これらは陸軍では陸軍大臣と参謀総長に、海軍では海軍大臣と軍令部総長に委託され、大臣は軍政権を、参謀総長・軍令部総長は軍令権をになった。
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狭い意味では天皇が軍事の専門家である参謀総長・軍令部総長に委託した戦略の決定や、軍事作戦の立案や指揮命令をする軍令権のことをさして統帥権ともいう。
明治憲法下で天皇の権能は特に規定がなければ国務大臣が補弼することとなっていたが、それは憲法に明記されておらず、また、慣習的に軍令（作戦・用兵に関する統帥事務）については国務大臣ではなく、統帥部（陸軍：参謀総長。海軍：軍令部総長）が補弼することとなっていた[1][2]。
この軍令と国務大臣が補弼するところの軍政（軍に関する行政事務）の範囲についての争い[3]が原因で統帥権干犯問題が発生する。この明治憲法が抱えていた欠陥が1940年（昭和15年）より終戦に至るまでの日本の国家社会主義化を助長した点は否めない。
なお、統帥権独立の考えが生まれた源流としては、当時の指導者が、政治家が統帥権をも握ることにより幕府政治が再興される可能性をおそれたこと、それといささか矛盾するが、元勲・藩閥が政治・軍事両面を掌握していたことから、後世に統帥権独立をめぐって起きたような問題が顕在化しなかったこと、南北朝時代に楠木正成が軍事に無知な公家によって作戦を退けられて湊川で戦死し、南朝の衰退につながった逸話が広く知られていたことなどがあげられる。